Виртуальная таблица Остатки() даёт остатки на границу НЕ ВКЛЮЧАЯ.
Таблица ОстаткиИОбороты и Обороты выдаёт данные по границу ВКЛЮЧАЯ
Вариант обхода:
РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(ДобавитьКДате(КонецПериода(&КонДата, "День"), "Секунда", 1),)
Если я Вам помог, то меня можно поблагодарить.