В 1с 8 ЗУП, при проведении документа, который фиксирует удержанный НДФЛ (Зарплата к выплате в частности), анализируется задолженность по зарплате. Соотношение Сумма выплаты / Долг по зарплате умножается на сумму исчисленного налога, который надо удержать. Т.о. кроме остатков по НДФЛ необходимо учитывать долги по зарплате.
Если я Вам помог, то меня можно поблагодарить.